"מכוורת יד מרדכי" הוקמה בשנת 1936, במקביל לייסוד קיבוץ "יד מרדכי". המכוורת הוקמה על ידי הגרעין המייסד של הקיבוץ. חלוצי קיבוץ יד מרדכי המתינו כשנה לעלייה לקרקע של "מצפה ים" באזור נתניה, בה ישבו באותה תקופה גדודי חיילים אוסטרליים ובריטים. החלוצים למדו מחיילים אלה את מסורת הכנת הדבש.

עם העלייה לקרקע בדרום הארץ, ב-1943, הפך ענף הדבש לאחד הענפים העיקריים של קיבוץ יד מרדכי. מכוורת יד מרדכי החלה את פעילותה עם כוורות בודדות, וכיום ברשות המכוורת הקיבוצית כמה אלפי כוורות. מכוורת יד מרדכי היא כיום המכוורת המתמחה בייצור ושיווק מוצרי דבש טבעי – המובילה בישראל – עם נתח של כ-56% משוק הדבש.

בשנת 2003 נרכשה פעילות הדבש של מכוורת יד מרדכי, לרבות הזכויות על המותג "יד מרדכי". החברה והתאגיד בבעלות קיבוץ יד מרדכי הקימו את "יד מרדכי – עלית". מאז הקמתה הרחיבה יד מרדכי – עלית את פעילותה גם לשמן זית וקונפיטורות.

בשנים האחרונות יד מרדכי הרחיבה את סל המוצרים שלה בעולמות הקולינירים והשיקה:
חומץ בלסמי, מיץ לימון 100% טבעי, סדרת רטבים לבישול, מייפל וחרדל דיז'ון.
בחזון החברה עומד הרצון להכניס את הטבע לצלחת ולהרגיש אותו בכל מנה ומנה, כלפעם מחדש, תוך שילוב של טעמים, צבעים, מרקמים וחמורי גלם איכותיים.