ניתן לאחסן שמן זית במקרר, אך אין בכך צורך. יש לאחסן שמן זית במקום קריר ואפל. אחסון שמן זית במקרר עלול להביא להיווצרות משקעים בשמן הזית בהתאם לזני הזיתים, בכל מקרה המשקעים האינם מהווים סימן לקלקול וניתן לצרוך את שמן הזית כרגיל.